国务院在批复中明确提出，长江流域综合规划实施处理好兴利与除害、开发与保护、上下游、左右岸、干支流等关系，充分发挥长江的多种功能和综合利用效益，为实现经济持续发展和社会和谐稳定提供有力支撑。
根据长江流域综合规划的目标，到2020年，长江流域重点城市和防洪保护区在遇标准以内洪水时基本不发生灾害，在遇超标准洪水时最大限度地减少人员伤亡和财产损失，山洪灾害防御能力显著提高；城乡供水和农业灌溉能力明显增强，城乡居民生活用水全面保障，水能资源开发利用程度稳步提高，航运体系不断完善；水生态环境恶化趋势有效遏制，饮用水水源地水质全面达标，水土流失得到控制；最严格水资源管理制度基本建立，涉水事务管理全面加强。
辽河流域综合规划也对2020年和2030年的阶段性目标提出了明确的要求。业内人士认为，此前由于当前流域综合规划缺位，我国一些重要江河、地方或电力行业布点大力开发水能资源时，水利部门没有流域综合规划作为依据，难以就防洪、水资源利用以及生态保护等问题提出权威意见，造成一些地方出现无序开发水电等问题。随着两大规划的实施，将明显改善流域内水资源的无序开发等问题。